普通（総進）・特進両コースとも現役での大学進学を強く意識しています。普通（総進）コースは日本大学を目指す生徒が大半を占めますが、近年は総合型選抜（AO入試）、学校推薦型選抜（推薦入試）、一般選抜（一般入試）などで、国公立・早慶などの難関大学を目指す生徒も増えています。特進コースは、第一志望にこだわりを持って一般選抜に臨んでいます。

全国の付属生を対象として実施される基礎学力到達度テストのうち、2・3年次4月と3年次9月の成績が重視される「基礎学力選抜」、在籍中の成績・取得資格・課外活動などが重視される「付属特別選抜」、日本大学への推薦資格を保持した上で、国公立大学の一般選抜（一般入試）を受験できる「国公立併願方式」などがあります。基礎学力選抜と国公立併願方式などは、基礎学力到達度テストの成績に基づき、セレクション（各学部・学科の募集人員の枠内で、成績上位者から選抜される方式）を行うことで推薦者が決定されます。